استاد علّامه طباطبائى با تسلّط كامل بر سه مشرب نامبردهء فلسفى ، كتابهاى مربوط به هر سه مشرب را در حوزه علمّيهء قم در طول مدّت دراز تدريس مىكرد مثلا « شفاء » و « اشارات » را كه متن فلسفهء مشّاء محسوب مىگردد كرارا تدريس مىفرمود و جمع كثيرى از بزرگان و فضلاء از حوزهء درس ايشان استفاده مىكردند . از مصاحبه‌هاى آن مرحوم با « پرفسور كربن » متشرق معروف فرانسوى به خوبى روشن است كه ايشان يد طولانى در فلسفهء اشراق نيز داشته است چنان كه در موارد متعدّدى از مصاحبه به مطالب شيخ اشراق اشاراتى دارند . ويژگيهاى مشرب فلسفى علّامهء طباطبائى از ويژگيهاى مشرب فلسفى ايشان اين بود كه مسائل فلسفى را به صورت سلسله مسائل زنجيره‌اى وابسته بهم درمىآورد و اين را مىتوان با مطالعهء كتاب حاضر به خوبى دريافت . علاوه بر اين در برخى از مسائل فلسفى ديدگاههاى خاصّى نيز داشته است مثلا ايشان در تعليقه‌هاى خود بر « اسفار » و كتاب « روش رئاليسم » برهان صدّيقين را به صورت ديگرى بيان كرده است كه از بيان « شيخ الرئيس » و « صدر المتألهّين » جلوهء بيشترى دارد و نيز با صدر المتألهّين در مسأله « مثل افلاطونيّه » اختلاف‌نظر دارد و به اين ترتيب كه ملّا صدرا از « مثل افلاطونيّه » دفاع و لكن ايشان آن را ردّ كرده است و نيز حركت جوهرى را با براهين خاصّى مطرح كرده و نتايج پرارزشى از آن گرفته است . كتاب « نهاية الحكمة » مثل « بداية الحكمه » يكى از آثار فلسفى ايشان و در حقيقت نظرات فلسفى ايشان به اضافهء چكيدهء كلّ مطالب فلسفى فلاسفهء اسلامى بخصوص فلسفهء ملّا صدرا مىباشد اين دو كتاب به تقاضاى مرحوم شهيد آية ا . . . قدّوسى رضوان اللّه تعالى از استاد علّامهء طباطبائى قدّس سرّه براى تدريس در مدرسهء المنتظر ( حقّانى ) از طرف ايشان نوشته شده است و قرار بود كه ايشان اين درس فلسفه را براى طلّاب سطح عالى مدرسهء حقّانى تدريس بفرمايند و دانشجويان و طلّاب سطح از بركات وجودى و نظرات فلسفى ايشان بهره‌مند گردند لكن پيروزى انقلاب و دگرگونى اوضاع حوزه به هنگام پيروزى انقلاب و كسالت ايشان باعث بىبهره ماندن مدرسهء حقّانى از اين فيض عظيم گرديد .